Коллекция негативов насчитывает свыше 170 000 единиц, отражающих историю России с XIX века до наших дней.

В коллекцию входят негативы, приобретенные музеем и переданные в дар фотографами, частными лицами и организациями, негативы подлинных документов и фотографий, а также вещественных экспонатов, хранящихся в музее. Музей располагает подлинными негативами известных фотокорреспондентов М.В.Альперта, Кудоярова Б.П. Кармена Р.Л., Я.И.Рюмкина, В.П.Гребнева, Б.Г.Шейнина и др. по периоду 1940-1950-х гг. XX века. Особое место в собрании занимает тема Великой Отечественной войны.

В последние годы музей продолжает осуществлять комплектование негативов путем закупки или передачи в дар авторами. Материалы коллекции широко используются в научно-исследовательской, экспозиционно-выставочной, издательской работе, как сотрудниками музея, так и представителями других организаций, музеев, киностудий, творческих союзов, научных учреждений и т.д.  Одна из важнейших задач в негативном фонде сегодня - его оцифровка, создание базы данных и сканирование имеющихся негативов.